De Mesologie is via een strak organisatieschema gestructureerd. Dit om de kwaliteit van de Mesologie te blijven waarborgen en de taken van de verschillende organisaties goed te verdelen.
De organisaties vormen de zogenaamde trias politica: een regelgevende, een rechtsprekende en een controlerende instantie. De samenstelling is zodanig dat alle drie de organisaties elkaar voortdurend controleren en bijsturen. Om deze functie te stroomlijnen en het lange termijn beleid te kunnen bepalen, bestaat de overkoepelende raad (BOVOM = Besturen Overkoepelende Vergadering Organisatie Mesologie).
De drie structuren NVVM, CM en RM zijn zodanig opgezet dat een trias politica ontstaat.
- Het College voor Mesologie (CM) is hierin de wetgevende macht;
- de Nederlandse Vereniging voor Mesologie (NVVM) de controlerende- en uitvoerende macht;
- het Register voor Mesologie (RM) de rechtsprekende macht.
Wetgeving en rechtspraak zijn op zichzelf geen democratische instellingen, dat wil zeggen zij kennen geen leden. De controle en uitvoering gebeuren wel op democratische grondslag.